Efectos de una Transacción en acuerdo laboral

Tengo un acuerdo que la empresa define como transacción. Me ofrecen cumplir con la legislación en el tema de horario, pero no aceptan pagar la indemnización por los daños y perjuicios.

La duda es: ¿Si acepto la transacción pierdo el derecho a pedir la indemnización más adelante?

Mi abogada dice que se hará en otro procedimiento, pero ya no tengo confianza y creo que no se va a poder hacer. Mi demanda incluía ambos conceptos: horario e indemnización. No entiendo porque ahora tendría que iniciar un nuevo procedimiento.