Pacto de permanenencia y máster bonificado

Hace cosa de seis meses comencé un máster pagado por la empresa en la cual trabajo. Me hicieron firmar un pacto de permanencia en el cual dice que tengo que quedarme hasta finalizar el máster o tendré que abonar un total de 3500 euros. En el pacto pone que ese importe es el sufragado por la empresa, entonces lo entiendo. Ahora bien, en los mails que recibo por parte de la universidad, aparace que el máster está bonificado por la FUNDAE. Entonces, mi pregunta es, ¿estaría obligada a abonar la indeminización a la empresa si presento baja voluntaria si el máster si está bonificado?