Posibles consecuencias gestión registro de jornada

En mi trabajo soy la responsable de la revisión de los fichajes que se hacen desde un terminal mediante huella dactilar, el terminal al pasarlos a un programa de tipo ETP da un serie de fallos, que yo tengo que rectificar, el problema viene cuando alguien se le olvida un fichaje, mi tarea seria añadirlo introduciendo una hora determinada, me dicen que ponga la hora teórica de salida o entrada dependiendo lo que se hayan dejado, pero según mi criterio de esta manera estoy falseando los datos, y el problema es que tengo que añadirlo ya que sino el programa no cuenta las horas reales trabajadas. Podría tener algún problema legal, ¿por introducir una hora ficticia? Es solo en el caso de los olvidos, tanto de entrada/salida, como en las horas de descanso o comida.