Problemas con proyecto de casa unifamiliar

He heredado una finca con una casa. Dicha casa fue edificada en los años 90. En el 2002 se regularizó la situacion haciéndole un proyecto y pidiendo los correspondientes permisos que hicieron falta como licencia de obra, permisos a la confederación hidrográfica, etc. Lo que nunca se obtuvo fue la finalización de obra. La casa se terminó (en los años 90) en casi su totalidad, excepto 3 caras de la fachada que quedaron sin revocar. Desde entonces he pagado la contribución correspondiente por ella. El problema viene ahora porque andan revisando todas las edificaciones de la zona, por parte de la aplu. Y le tocó a la mía. Me llegó el informe y me ponen varias incidencias. Hablan de la modificación del tejado, ya que estaba a un agua y ahora esta a dos, ya que después de unos vendavales hace unos años me habían arrancado el tejado y se reconstruyó mejorándolo en caídas etc. También hablan de la proximidad de un río pero eso tengo permisos de la confederación para edificar. Pero lo que me extrañó es que en el proyecto, y no en la licencia de obra del ayuntamiento, pone que esta vinculada a una explotación agraria, y no se por que pone eso. Igual fue porque mi padre iba a abrir una granja pero enfermó y nunca se llevó a cabo. Pero ahora me abren expediente por eso. ¿Qué puedo hacer? La licencia es de diciembre del 2002. Está en Galicia.