Impuesto Plusvalías Venta vivienda en usufructo.

Tengo una duda sobre este impuesto que me ha llegado y soy completo desconocedor de como actuar, pongo en antecedentes:

En el 2000 mi padre contrajo segundas nupcias y realizo la compra de una vivienda al 50% con la que fue su mujer en Las palmas de Gran Canarias (donde residían).

En el 2003 mi padre falleció, y quede como heredero del 50% de su propiedad pero como usufructuaria la que fue su pareja, que tras 13 años falleció, dejando como heredera a su hermana. Tras lo que acordamos la venta de la casa.

Ahora el ayuntamiento me reclama la Plusvalía tras 14 años al 3%, mientras que a ellos se les reclama 2 años, ¿esto seria correcto? ¿O debería ser con respecto al tiempo que ha pasado desde que he podido ser propietario con posibilidad de venta?