Capas separadas me las unifica en grupo en after

Te hago esta pregunta porque muero de curiosidad y nadie me la sabe responder. Trabajo con after effect e ilustrator. Para que after effect pille bien ilustrator y poder animar etc, cada elemento tiene que estar en una capa diferente y nombrada. Si vienen en grupo las separo, soltar a capas etc. Pero lo raro es que tengo un personaje dividido en capas por completo(brazo derecho, pierna..) y al pasárselo a mi compañero y abrir él mi ai, primero le hace una cosa rara como si fuera un PDF y no un ai (que pagina quiere importar) y luego todas las capas le aparecen en un grupo metido y no sueltas y nombradas como se las paso yo. Haciendo un día un tutorial y bajándome el material, venia un ai y lo curioso era que al abrirlo yo venia un sólo grupo y dentro las capas sin nombrar, pero al meterlo en after pillaba cada capa por separado y con su nombre. Quisiera saber si existe alguna forma en ilustrator de que aunque este separado todo en capas y nombradas, ilustrator te las muestra en un solo grupo hasta que le de a algún "botón" y es por ello que aunque este agrupado luego si lo pilla en capas separadas y viceversa.