Jornada reducida por maternidad me afecta a mis vacaciones

Mi mujer trabaja en peluquería y en octubre de 2016 hemos sido padres y ahora al entrar a trabajar ella reducirá de 40 horas semanales a 20 horas, en la empresa le han dicho que le afectará proporcionalmente al salario y también a las vacaciones. Ella ya se ha cogido seguidamenre 2 semanas y dos dias despues del permiso de maternidad. ¿Tengo la duda que si le deben aun 2 semanas de vacaciones es correcto que le quiten una por hacer la reducción a mitad de jornada o realmente no debería afectar en los días de vacaciones?