Estar dado de alta seguridad social de dos empresas

Estoy dado de alta a tiempo completo en una empresa y ahora mi jefe me da de alta al mismo tiempo a tiempo parcial por circunstancias del trabajo, el principal pagador es la primera empresa de momento no se como ira la cosa o si pagara algo de la otra, pero lo que si se por compañeros que le ha hecho lo mismo a la hora de hacer la declaración se ve que les ha perjudicado, la pregunta que dificultades o perjuicios puedo tener