Encontré un programa que a mi me gusto bastante y que es lo que más se acerca a lo que tu quieres... se llama LOCKDIR
Descárgalo aquí:
http://folder-protection.softonic.com/
lo que tienes que hacer es lo siguiente:
Proteger:
Copias lockdir en la carpeta que quieres proteger, cuando lo hayas copiado lo ejecutas y te saldrá una ventanita donde tendrás que poner una contraseña (la que tu quieras) y después la reescribes... arriba donde escribes la contraseña hay 2 opciones: protect default y protect another...
Protect default: es para proteger la carpeta en la que se encuentra lockdir por ej: si tienes una carpeta llamada "snes" (ejemplo) en tu pendrive y la quieres proteger, copias el archivo en la carpeta "snes", luego ejecutas lockdir que esta dentro de la carpeta "snes" y listo la carpeta estará protegida.
Protect another (recomendada): esta opcion es para que no tengas que copiar lockdir en las carpetas que quieres bloquear... por ej: tengo lockdir en el escritorio (o donde quieras tenerlo), lo ejecutas, escribes la contraseña, la reescribes, ahora cambias la opcion eliges la opcion protect another y te saldra una ventanita en el que puedes buscar la carpeta segun su destino, eliges la carpeta (en tu caso, una de tu pendrive) y le das a proteger y se creara una copia de lockdir sin que tu estes copiando manualmente.
Desproteger: para desproteger la carpeta solo tienes que abrir la carpeta que quieres desproteger y ejecutar lockdir, saldrá una ventanita donde tienes que poner la contraseña con la cual protegiste la carpeta, y eliges la opción COMPLETE y listo! Todo vuelve como era antes de proteger la carpeta.
Espero haberme acercado a tus expectativas y haberte solucionado esta inquietud. Bueno... espero que te guste, mucha suerte! Y me comentas.