Ayuda se adueño del arranque de mi Pc

Hola a todos
Estoy en un predicamento tenia instalado dos sistemas Operativos Windows 2000 en dos discos duros cada uno de 40 GB de capacidad, pero solo utilizo uno para trabar y el otro solo los fines de semana es mi respaldo de información
El problema es el siguiente el disco duro Esclavo esta particionado una partición de 29 GB y el resto en la otra hace poco instale suse 10 en esta partición chiquita pero sucedió lo que no quería que pasara Linux se adueño del arranque de mi PC ahora tengo que tener conectado ambos HD para arrancar
Mi preguntas es como restauro el arranque normal del Windows que tenia antes sin tener que formatear y si se puedo que quede funcionando SuSe
si quieres añadirme al tu msn [email protected] me urge no quiero tener que formatear