Ejecutar xml desde jsp

En realidad no conozco ireport, he trabajado si con Crystal Report 8 pero eso no resuelve tu problema. Ya que necesitas crear un reporte en pdf lo mejor es separar la capa de presentación de la lógica de negocio. Yo utilizo como servidor web Apache, como Servlet Engine Tomcat y como procesador de archivos xml utilizo Cocoon, ya vez que todo es una sola plataforma de trabajo. Entonces ¿Qué Hago?, bueno generó mi página web como cualquier página web HTML pero con el dinamismo que provee jsp y el formato del sitio con XLS y/o CSS por lo general el primero. Ubico mi sitio en la carpeta de Cocoon o en un mapeo de dicha carpeta y aquí viene lo más importante: en el "sitemap" de cocoon le especifico como quiero el reporte, ya sea en html, wml o pdf. No toma más de 5 líneas hacer esta parte. Intentalo por esta vía ya que por experiencia con Crystal Report se que ese camino que estas utilizando es muy engorroso y no es muy flexible, es decir, tienes que trabajar para hacer html, luego trabajar para wml y luego trabajar para pdf. Por esta vía trabajas una sola vez y la presentación es cambiar un parámetro.
Todas estas herramientas (Apache, Tomcat y Cocoon) la puedes bajar gratis del sitio web de Apache y vienen con sus manuales respectivamente.
Suerte y si necesitas información más detallada estoy a la orden.