De 2 discos sólo puedo arrancar 1

Instalé dos discos en mi PC. Uno de 15G y otro de 40G. Los dos con W.Me y cada uno con una sola partición.
Para gestionar el arranque me beje Boot Magic y me ha estado funcionando de maravilla. El otro día por un corte de luz cuando estaba trabajando con el de 15 dejé de poder entrar en el boot magic. Desactivé ese disco en la CMOS y puedo entrar en el de 40. Pero si desactivo el de 40 no me arranca. He probado con el disco de arranque de W me, con el Boot Magic y con el System Comander. Con este último cuando chequea el sistema se me reinicia sólo el PC, con los otros me dice que no encuentra HD o que no hay partición Fat.
Al arrancar el PC me informa del modelo del HD de 15, pero más adelante dice que NONE.
¿Hay forma de sacar los datos del dico duro, aunque ya no arranque? Gracias