Ahora veo mejor que es lo que pretendes. PHP no necesita un servidor web para ejecutarse. De hecho hay muchos scripts PHP que se ejecutan desde línea de comandos. El concepto es similar al de Perl o Python, ya que en estos casos se tiene también que ejecutar el intérprete. En principio no hay ningún problema para tener un script PHP "stand-alone" .
Pasando al tema del chat. No sé si implementar el servidor de chat en PHP es una buena idea. Si no hay limitaciones técnicas de cara al proyecto, yo te sugiero que busques alguna implementación opensource de IRC o Jabber y que bases el desarrollo sobre ellas (prueba en sourceforge.net o freshmeat.net). Siempre es mejor aprovechar algo que funciona que reinventar la rueda. Aun cuando no deseéis usar un protocolo conocido y prefiráis implementar alguno que se adapte mejor a vuestras necesidades no os recomiendo que empleéis PHP como lenguaje base. Si mi memoria no me falla carece de una funcionalidad muy necesaria en un servidor, como son las hebras. Si el lenguaje C o C++ suponen un problema quizás Java pueda ser una solución, con la ventaja añadida de que el servidor de chat que diseñéis funcionará en Linux, Solaris y Windows con muy pocos cambios. Así sin buscar mucho he encontrado kChat (
http://freshmeat.net/projects/kchat/). En sourceforge también hay algunas cosas interesantes. Resumiendo (que me enrollo más que una persiana), no te recomiendo que escribas el servidor en PHP, porque rápidamente comprobarás que te faltan herramientas en el lenguaje y en el intérprete. Emplea un lenguaje más genérico (incluso considera Perl o Python).