Correcta visualización de la web

Muy a menudo se utilizan recursos en Javascript para detectar la resolución de l monitor y si es una resolución desvían a una página y si es otra se redirecciona a otra. Personalmente no lo encuentro muy bueno, pero en fin, es una forma.
Lo que debes hacer es crear el contenido de tus páginas para una resolución sugerida y a menudo se indica en los sitios algo como "este sitio está diseñado para una resolución 800x600 ...", lo mejor es utilizar tablas que se adapten en porcentajes al ancho de la ventana, eso se ajusta en Ajustar Ancho a: 100% por ejemplo..
Es posible que lo que describes se produzca por el uso de Layers en Netscape, (Netscape tiene problemas con los layer, no así Internet Explorer). Existe una opción en Dreamweaver que dice "Convert Layer to Table" (en Modify si no me equivoco).
Para abrir una ventana de tamaño preseteado, existe un Behavior en DW "Open Windows Browser", ahí dices que HTML quieres abrir y las dimensiones de este.

Siento no poder ayudarte, desconozco como realizar lo que tú comentas.

Bien, la única manera de que los textos no se vean uno encima de otro es transformando las capas en Tablas, (Modify--->Layout mode--->Convert layer to table).
También te sugiero que recomiendes la resolución ideal "este sitio se ve mejor con 800×600 pixeles" o algo así.
Sobre lo último, es Javascript, un tema donde yo no me he profundizado demasiado. Puedes resolver tus dudas con los expertos en Javascript.
Suerte
Chicozapo