¿Se puede compatibilizar una baja por enfermedad y un permiso maternal?

Hola La situación es la siguiente. Mi mujer que está a punto de dar a luz, ha estado las últimas siete semanas de embarazo de baja por enfermedad por una afección ocular-neurológica provocada por la gestación. Aunque la medico de cabecera consigno el riesgo en el embarazo, en su trabajo (Administración Pública Autonómica) la han considerado como baja por enfermedad común y por tanto "quitando del sueldo" la parte correspondiente. Mi pregunta es. Si es es posible, ¿Nos conviene, si la dolencia continua después del embarazo (que podría ocurrir), seguir con la baja por enfermedad, además de pedir el permiso maternal cuando de a luz?. La explicación es que si mi mujer sigue de baja podría acceder yo (el padre) cuando pueda al permiso maternal, o, en su caso, si la dolencia se alargara a después de terminar con el permiso maternal, evitar una nueva baja, y por tanto una nueva merma en el salario.

Gracias