Baja y tramites de incapacidad profesional

En el año 2006 tuve una lesión en el hombro derecho estuve de baja por enfermedad común 3 meses en los cuales me recupere de dicha lesión volviendo a mí puesto de trabajo, parecía que todo estaba bien pero a año y medio volví a recaer y me diagnosticaron calcificaciones en el manguito rotador de dicho hombro.

Estuve de baja 4 meses y el traumatólogo que me valoró me comento que me podía intervenir quirúrgicamente de dichas calcificaciones y que debido a que tenia un 85% de movilidad no me lo recomendaba ya que podía que dar con menos movilidad y que buscara un trabajo que no tuviera que hacer esfuerzos.

Actualmente me encuentro de baja por enfermedad común desde noviembre de 2013 por rotura de tendón supraespinoso de hombro izquierdo por esfuerzos y movimientos repetitivos en el trabajo, el traumatólogo que me va a intervenir me aconseja no realizar esfuerzos ni trabajos repetitivos ya que la intervención quirúrgica es un remiendo en el tendón y posiblemente más pronto que tarde se vuelva a romper,pero el puesto que ocupo en la empresa requieren de dichos esfuerzos.

Mi pregunta va en relación a que cuando este recuperado vuelva a mí trabajo seguramente la empresa me va a denegar el cambio de puesto, y quisiera saber que procedimiento tengo que seguir para que debido a las lesiones que tengo en los hombros poder pedir una incapacidad para el desarrollo de mis funciones en el puesto que tengo asignado dentro del organigrama de la empresa.

Muchas gracias.