¿Retención en nómina pagando hipoteca?

Hola, quería saber si la retención que me ha aplicado mi empresa durante el 2013 es correcta, ya que teniendo hipoteca con derecho a deducción, la declaración de la renta me sale a pagar casi 100 euros. Los datos serían los siguientes:
Salario neto pactado: 1825,00 mensual
Total satisfecho 2013: 30.477,39
Retenciones practicadas: 4.266,84
Gastos deducibles: 1.926,96.
Vivienda con hipoteca comprada en el año 2005.
Me retienen un 14% porque tienen marcada la casilla "El perceptor ha comunicado que efectúa pagos por préstamos para la adquisición o rehabilitación de su vivienda habitual con derecho a deducción en el IRPF y que sus retribuciones íntegras totales son inferiores a 33.007,2 euros anuales". Sin esa casilla me tocaría un 16%.
Yo entiendo que al marcar esa casilla me baja un 2% que le beneficia a la empresa pero me perjudica a mi ya que al tener un salario neto pactado no me repercute lo que me retienen de menos.
¿Es correcta la retención que me aplican al tener un salario neto y no bruto pactado? Muchas gracias.