¿Puede la empresa retener mi despido si estoy de baja?

hola, mi padre se dio de baja en agosto de 2012 y ahora la empresa esta cerrando y a el y a otro compañero que están de baja la empresa les ha denegado el despido queremos saber si esto es legal con una antigüedad de 40 años.

Nosotros creemos que la empresa ha retenido el despido esperando la decision del tribunal medico a favor de mi padre por enfermedad grave ya que la empresa estaba enterada de la situación.