Cría manual

Ante todo disculpa que haya tardado en contestarte.
Veras, respecto a lo del pollo más pequeño, todo tiene sus ventajas y sus desventajas:
Criar un pollo a mano es una labor dura que requiere mucho tiempo y esfuerzo, si no dispones de ello será mejor que se quede con sus padres.
Para empezar, te diré que es muy normal que haya algún pollo más pequeño que el resto, pues los agapornis nacen con algo de tiempo de diferencia entre unos y otros. Muchas veces, los padres son capaces de sacar a delante a todos sus pollos, pero sobre todo si son primerizos tienen bastantes posibilidades de morir, aunque no siempre ocurre.
Si prefieres criarle a mano lo más conveniente sería que comprases pasta de cría especial para criar psitácidas (loros, agapornis...) a mano, que suele venderse en pajarerías o tiendas de animales. Para prepararla sigue las instrucciones del fabricante en cuanto a la temperatura y la consistencia.
Respecto a la frecuencia de toma, será cada dos horas aproximadamente, o cuando veas que se le vacía el buche o cuando el te lo pida. Deberás de darle todo lo que el quiera, hasta que deje de pedirlo. Los primeros días es posible que no abra el pico, deberás abrírselo tu con cuidado e introducirle la comida hasta que el se de cuenta de lo que es.
En cuanto a si lo separas o no del resto es algo más complicado, y también deberás valorar los pros y las contras:
Si separas al pollo del resto, y le cuidas tu, se convertirá en una mascota mansa y dócil, como un perrito, que podrás tener suelto por la casa; pero será muy dependiente de ti.
En cambio, si no tienes ninguna experiencia yo te recomendaría que lo dejases en el nido con el resto, pero vigilando que no sea rechazado por los padres o los hermanos las primeras veces, y posiblemente no necesites estar tan pendiente de él, porque si no puedes darle de comer en un momento dado, podrá recibir comida de sus padres también.
Por otro lado, es normal que el hembra chille cuando sacas a los pollos del nido, así que intenta tenerlos lo menos posible en tus manos, ten en cuenta que la estas quitando a sus hijos, y el instinto maternal hasta que los pollos se hacen adultos y pueden emanciparse es muy fuerte. Y también es totalmente normal que sean ambos padres quienes los alimenten. Por último, que uno de los pollos haya salido distinto color al resto te indica que han tenido un antepasado de ese color, que llevan en sus genes ese color.
Bueno, creo que eso era todo, si tienes cualquier otra duda estoy a tu disposición.