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Si vamos a la definición de raíz cuadrada en la Wikipedia tendremos.
En las ciencias matemáticas, se llama raíz cuadrada de un número a cualquier otro número que elevado al cuadrado es igual al primero, con esta definición cada número complejo admite exactamente dos raíces cuadradas (estas son iguales en módulo).
Luego de acuerdo con eso tenemos dos raíces cuadradas que son las dos soluciones de la ecuación x^2 = 9 y son -3 y 3
Pero cuando se habla de funciones, como una función solo puede tener un valor se toma el valor positivo, por lo tanto
$$f(x) = \sqrt x \implies f(9)=3$$
De ahí la confusión que puede haber de si son una o son dos. Son dos, pero cuando se escríbe como función solo toma el valor positivo, para que tome el negativo se debe poner el signo - delante
$$f(x) = -\sqrt x \implies f(9)=-3$$
Y eso es todo.
