Dos S.O. En dos discos duros

Muy sencillo, No tendrás que hacer nada, ya que windows 2000 y windows xp, ya soportan esa característica y ellos solos modifican el archivo boot.ini para que eso funcione de la manera que tu quieres.
Solo un requisito importante y es que primero instales el Sistema operativo más viejo que tengas en la ubicaccion que tu elijas y posteriormente instales el sistema más nuevo en la ubicación que elijas.