Informatica gestion o sistemaas?

En principio, las dos ingenierías son iguales, unicamente difieren en una serie de asignaturas, que en el caso de Gestión están orientadas a la organización y administración de empresas; y en el caso de Sistemas están orientadas a Hardware y redes; es depende de lo que más te guste a ti que elijas una u otra; pero ambas tienen las mismas salidas y con ambas estarás capacitado para trabajar como informático en cualquier empresa.
No obstante, con la incorporación del plan Bolonia, ahora ya no existen (o no van a existir, depende de la universidad, en algunas ya se ha implantado) sino que ahora va a existir el Grado de Informática en Ingeniería de Software y el Grado de Informática en Ingeniería de Computadores.
El primero está más orientado al desarrollo de software ( análisis, diseño, pruebas, desarrollo...) y el otro está más orientado a tecnología de computadores, redes y sistemas
Mi consejo es que mires el plan de asignatures que ofrece cada modalidad, veas temarios y de que van las asignaturas que son diferentes y en consecuencia con lo que te gusta, elijas una de ellas.