Manchas al pintar

Hola, buenas:
Espero puedas responderme y ayudarme con un pequeño problemilla que estoy teniendo al pintar. Te explico:
Después de que los obreros dieran yeso en las paredes, decidí pintar siguiendo los pasos que me han dicho varias personas y en un centro especializado. He lijado, limpiado, emplastecido y he vuelto a lijar. Después de limpiar nuevamente, he dado una primera capa de pintura plástica blanca y después de dejar secar he dado una segunda capa. El problema es que las zonas donde he dado emplaste me quedan unas manchitas y no se como taparlas o si debo dar una tercera capa de pintura para taparla.
En principio después quiero dar unas arenas, pero no se si las manchas las cubrirá. Quizás en las paredes si cubren con el color y las arenas no tendría problemas, pero en los techos debería hacer algo.
¿Qué puedes recomendarme?, ¿Qué hago con las manchitas que te digo? Espero tu respuesta.
Gracias por adelantado.