Cambio de motor

Hola rverdial, aprovechándome de tu profesionalidad voy a preguntarte algo. No se si puedes aclarármelo ya que no es para mi, pero confío mucho en tus respuestas, siempre me has dado soluciones.
Tengo un amigo que ha cambiado el motor de su Megane dci.105 CV. No lo ha hecho en Renault por motivos económicos.
Su problema es que en el taller no consiguen arrancarlo a pesar de que le dicen que todos los parámetros están bien incluidos inyectores y la clicp no da fallos.
Está que no sabe que hacer. Mi duda es la siguiente: ¿Puede ser que las cajas electrónicas no reconozcan al nuevo motor? Dicho motor lo ha comprado en un desguace.
Muchas gracias y un saludo

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