Música guitarra

En cuanto a la primera pregunta parece ser que fue vicente espinel el precursor de la actual afinación, en mi opinión derivada de la afinación de la vihuela (instrumento este que convivía con las primeras guitarras siendo este más importante en la época)
Te envio esta direccion que me parece muy interesante
http://www.geocities.com/Vienna/Choir/1815/history.htm
En cuanto a la segunda pregunta es debido a los griegos.
Los intervalos los inventaron dividiendo un instrumento que tenían que se llamaba "cuerda" que como su nombre indica era una cuerda. Entonces de la división de esta salían los distintos intervalos. Si tomaban tres cuartos de cuerda lo tomaron como un intervalo de cuarta, toda la cuarta era una octava.
Investiga sobre estas pistas y espero que te sirva mi ayuda y perdón por el retraso pero he estado sin conexión a internet mucho tiempo

La verdad es que no se cuando se fijo la afinación de la guitarra... si es que se ha fijado alguna vez. Yo creo que la guitarra debe ser de los instrumentos con los que se ha experimentado más con la afinación (y se sigue haciendo). Sin ir más lejos la afinación del "tres" (una guitarra con 3 pares de cuerdas que están afinadas como un arpegio de Re mayor a veces; usada en son) y las guitarras usadas para slide (en acordes de séptima...) son dos ejemplos de afinaciones de guitarra. Me imagino que la relación de quintas debe ser una cuestión practica para poder llegar al máximo de intervalos posibles. Porque se decidieron por las cuartas en vez de las quintas (como los violines, violas o cellos) no los se. La razón por la tercera al final debe ser para las cuerdas exteriores en octavas (o algo así).
Por lo que se refiere a tu pregunta de los intervalos como relación hay que remontarse a la serie armónica. La serie armónica es una lista de sonidos "puros" que conforman cualquier sonido armónico. Fourier, en su tiempo sugirió que cualquier sonido puede representarse como la suma de ondas sinusodales (teniendo en cuenta su fase). Cuando nosotros hacemos un sonido armónico (cualquier instrumento que produzca una nota), la nota que oímos va acompanyada de toda una serie de ondas subsidiarias en las frecuencias de la serie armónica correspondiente a la nota fundamental (la que nosotros oímos). La intensidad relativa de estas ondas secundarias (los parciales) definen lo que se conoce acústicamente como espectro y musicalmente como timbre. Para que un sonido sea armónico, las frecuencias de sus parciales tienen que ser múltiples de números enteros. Así la serie armónica de Do, precedido por su múltiple de la frecuencia fundamental es:
1 Do
2 Do
3 Sol
4 Do
5 Mi
6 Sol
7 Sib
8 Do
9 Re
10 Mi
Etc...
Eso quiere decir que la frecuencia de Sol es 3*(frecuencia de Do); 2*Do es Do una octava más arriba; el armónico Si b (que nos suena desafinado) se encuentra en cada séptima parte de una cuerda afinada en Do. Ahora, si miras la primera cuarta que te sale en la serie veras que es 3:4 de la misma manera que la primera quinta es 2:3 y la primera tercera mayor 4:5.
Ala.