Indemnización Modificación sustancial habiendo estado de baja IT

En unos días mi empresa va a aplicar una modificación sustancial de las condiciones de trabajo a nivel colectivo. Ya se encuentran en periodo de consultas, por lo que imagino que antes de terminar el mes de julio ya se hará efectiva.

Según tengo entendido tengo derecho a rescindir mi contrato con 20 días de indemnización por año trabajado con un máximo de 9 meses.

Mi duda es la siguiente:

Estuve de baja entre el día 13/5/2015 y el 26/5/2015, y también entre el día 14/6/2015 y el día 29/6/2015, por lo tanto mis nominas de los meses de mayo y junio han sido más bajas de lo habitual. Tengo entendido que la indemnización por despido se calcula en función del sueldo del ultimo mes trabajado. ¿Va a verse afectada la cuantía de mi indemnización por el hecho de que mi Base de Cotización durante mayo y junio fuera menor por haber estado de baja en esas fechas?