Server Application Unavailable, Error pagina

En la mayor parte de los casos tu problema se debe a que el .NET Framework se ha instalado mal.
Te aconsejo que te desinstales tanto el .NET Framework como el Visual Studio y vuelvas a instalarlos.
Aprovecho para comentarte que el Visual Studio 2008 funciona muy bien, tanto para .NET 2.0, como para .NET 3.0 y .NET 3.5

He desinstalado e instalados varias veces, así como el iis. Primero instalo iis y luego .net framework 2.0 y sigue igual. Este servidor donde me pasa esta igual configurado que otro servidor en el que me funciona bien y no se por donde ir. Gracias de todas maneras por responder

Coméntame si has hecho lo siguiente, y qué resultados te da:
- ¿Te abre alguna página .html?
- Estás usando ASP.NET 1.1, ASP.NET 2.0 o ASP.NET 3.5?

Estoy usando ASP.NET 2.0. No he probado a abrir páginas html estoy usando solo aspx para las páginas

Ok, entonces vamos a asegurarnos de dos cosas (por descartar):
1.- Crea una página .html y accede a ella. De ese modo nos aseguramos de que no hay problemas de DNS y que se esté apuntando a una página que no debe. Parece extraño, pero es un error común.
2.- Sobre el directorio virtual del IIS, haz clic con el botón de la derecha --> propiedades. Entra en el TAB "ASP.NET", y asegúrate de que el site está configurado para ASP.NET 2.0 y no para ASP.NET 1.1

Como es otro sitio donde tengo que ir, porque ahora mismo no estoy delante probare con una html y te cuento. Lo segundo te puedo asegurar de que esta configurado para ASP.NET 2.0 y esta permitido en las extensiones. Cuando haga lo de la página te cuento
Un saludo

Perfecto, ya me dices algo, a ver si entre los dos los resolvemos ;)

¿Has hecho algún avance?

Siento mucho haber tardado pero he tenido unos problemas familiares y no he estado trabajando, bueno el caso es que las páginas html si que funcionan pero las asp no, siguen con el mismo error

Ok tranquilo, espero que todo vaya bien ;)
La cosa se pone difícil... ¿puedes decirme qué usuarios y qué permisos tienen estos en el directorio donde tienes ubicado el website?

Los usuarios y permisos de estos están igual que en un servidor que me funciona perfectamente las páginas, así que eso no creo que sea

Ok, entonce recapitulemos:
- Has reinstalado varias veces el IIS y .NET 2.0
- Los usuarios y sus permisos son completamente idénticos que en otro servidor que sí funciona.
- Estás usando ASP.NET 2.0
Posibles soluciones:
- Te aconsejo que te instales el .NET Framework 3.5 (descárgalo aquí). Puede que te solucione el problema de un plumazo y tú no tienes que hacer absolutamente ningún cambio.
- Puede que alguno de tus antivirus esté forzando el reseteo de tu aplicación. Suena extraño, pero a veces pasa. ¿Usas el mismo antivirus en sitio y en otro?

Si se usa el mismo antivirus. Voy a instalar primero el 2.0 service pack 1 que ha salido nuevo a lo mejor soluciona este tema