InnoDb-MyISAM

Tengo una base de datos en access que he exportado a mysql. El problema está en la integridad referencial de las tablas. Las tablas en Mysql son de tipo MyIsam y claro quiero cambiarlas a InnoDB, desde phpMyAdmin se da esa posibilidad, con el inconveniente que no me da la opción a elegir el tipo InnoDB porque simplemente no aparece en la combo.
He leído por algún sitio que el problema es de la version de phpMyadmin que no muestra el tipo InnoDb, pero en mi caso no es cierto, porque he exportado tres tablas a las que directamente les he puesto Type InnoDB, pero no funciona la integridad referencial entre ellas. También he leído algo sobre descomnetar o comentar una linea en un fichero de configuración #skip. Innodb (o algo así). Yo he encontrado un archivo .ini con esa linea comentada (my-innodb-heavy-4G.ini) la descomenté pero nada. Cuando miro las variables de mysql me aparece la variable have innodb como disable. No se como ponerla enable.
No se si me podrás resolver la duda, o a lo mejor recomendarme una version de mysql que acepte innodb sin complicaciones, y en ese caso si sería compatible tener esa versión instalada con el appserv, pues ahora mismo solo me interesa tener esa bbdd conectada con visual basic, pero claro, no quiero perder la instalación del appserv. Muchas gracias por tu tiempo.
Mis versiones son:
AppServ 2.5.4a Packages
Apache 2.0.54
MySQL 4.1.12a
PHP 5.0.4
PhpMyAdmin-2.6.2pl1
MyODBC-3.51.11-2