Diagnostico.

Un diagnóstico puede ser de diferentes tipos. Puede ser de
a) Clima (Ambiente, Relaciones interpersonales, satisfacción, moral etc)
b) Productividad (valuación de puestos y evaluación de desempeño, etc)
c)Organizacional y de Estructura, que al parecer es lo que estás buscando.
Este diagnóstico es mucho más complejo porque requiere bastante tiempo. La metodología depende cuanto tiempo quieras invertir y que recursos tienes.
Lo primero sería conseguir toda la información que puedas de la empresa. Pide el manual de inducción, el organigrama y programa una entrevista con el encargado de R.H. Si has conseguido eso, puedes partir desde ahí.
En cuanto a metodología, hay varias que puedes utilizar. Pero lo mejor es que leas alguno de estos libros que te pueden ayudar, todos son en español y de seguro los encuentras en la biblioteca, ademas es solo un capitulo el que dedican al diagnostico:
Robbins, Stephen. Comportamiento Organizacional (Prentice Hall)
Rafael Guízar Montúfar. Desarrollo Organizacional : Principios Y Aplicaciones (Mc Graw Hill)
Espero que te sirva para comenzar. Dudas o comentarios, estoy a tus órdenes.