Indemnización

Vamos por partes, entiendo que la empresa para la que has trabajado no es una ETT (empresa de trabajo temporal), ya que este tipo de empresas están obligadas a prorratear la indemnización.
Sobre si puede ser que sea la indemnización por fin de contrato... pues todo es posible...
Sobre si se puede incluir en la nomina mensual... legalmente ese aspecto (como muchos otros) no esta regulado.. lo que quiere decir que en ningún sitio pone si se puede pagar prorrateado mensualmente o no, (habría que buscar jurisprudencia sobre el tema) por lo que poder pueden hacerlo.. lo que no descarta la posibilidad de que tu también puedas demandar a tu empresa por la falta de pago de la indemnización( alegando que tu entiendes que no es una indemnización por despido, si no mayor salario, con lo que tendrías que ir a juicio y que el juez decida...
Sobre si pueden saber cuanto te corresponderá cobrar sin saber cuando terminara la relación laboral...(pues si, ellos no saben cuando te van a liquidar pero si saben lo que te pagan en cada momento.. basta con prorratear la parte de los 8 días por año a meses y abonarte la cantidad.
Personalmente te diré que es una situación bastante irregular, al ser cantidades tan pequeñas no merece la pena ir a jucio (en cualquier caso esa es una opción personal) .. te recomiendo que calcules lo que te corresponde de indemnización ( si las nominas son siempres iguales, una forma sencilla aunque no exacta de calcularlo, es coger la base reguladora de la ultima nomina de mes completo y dividirla entre treinta o treinta y un días y multiplicarla por ocho...)y si no corresponde con las cantidades que te han abonado prorrateadamente pues algo esta mal...
Por otro lado te informo que tienes un año para reclamar salarios.