Acuerdo de indemnización por despido objetivo con la empresa que excede lo legal ¿Tributa el IRPF?

Mi empresa me ha despedido por causas objetivas al reincorporarme de mi baja maternal y tras demandarles y pasar el acto de conciliación, en el que no hubo acuerdo, a dos semanas del juicio, se ponen en contacto conmigo para negociar la indemnización, ya que el despido es casi seguro nulo y no quieren readmitirme, el caso es que hemos cerrado en una cifra redonda que está 2.000 € por encima de lo que me correspondería por lo que marca la ley en cuanto a la indemnización de un despido improcedente, y queremos cerrar el acuerdo en el juzgado la semana que viene.

El caso es que me surgen varias dudas,

1) La empresa no quiere reconocer la improcedencia del despido porque han modificado las condiciones de contrato a los trabajadores (reducción salarial) con posterioridad a mi despido ¿esto me afecta en cuánto a lo que tendría que pagar a hacienda por la indemnización pactada? Me explico, si finalmente el despido es objetivo ¿lo que estaría exento de tributar es lo que esté por debajo de los 20 días al ser objetivo o se aplica también los 45-33 días de un despido improcedente aunque no esté reconocida la improcedencia? En caso de que me perjudique ¿es verdad que no pueden reconocerme la improcedencia o al modificar las condiciones de contrato con posterioridad a mi despido no les afectaría y si podrían reconocermela?

2) La parte que esté por encima de la indemnización legal establecida ¿cómo tributa? ¿cómo cálculo el porcentaje exacto? He oído algo de una reducción del 40% para personas que llevan mas de dos años en la empresa ¿es esto cierto?

Muchas gracias por responder a mis preguntas ya que esto es muy importante para mi