Descuento por Baja Laboral

El mes de febrero estuve 15 días (desde el 9 hasta el 20) de baja laboral por enfermedad (aborto natural) y me descontaron una tercera parte de mi salario. He solicitado la nómina y los conceptos son los siguientes (entre paréntesis pongo las cantidades que cobré en enero y que es lo que normalmente cobro):
* PERCEPCIONES SALARIALES                                 * PERCEPCIONES NO SALARIALES       
- Salario Base: 368,07 (674,92) - Transporte: 19,23 (36,06)
- Puntualidad: 70,52 (129,44) - Días 60%-Empresa: 198,23 (0)
- Prorrateo Pagas extras: 146,20 (268,12)
- Retroactivo Con: 6,85 (0) A. TOTAL DEVENGADO: 809,10 (1.108,54)
* DEDUCCIONES:
- Contingencias comunes: 4,70%: 51,96 (50,41) 1. Total Aportaciones: 70,21 (68,10)
- Desempleo 1,55%: 17,14 (16,62) 2. IRPF 6,76%: 54,70 (5% 55,43)
- Formación Profesional 0,10%: 1,11 (1,07) B. TOTAL A DEDUCIR: 124,91 (123,53)
                                               LÍQUIDO TOTAL A PERCIBIR (A-B): 684,18 (985,01)
El convenio de la empresa es de siderometalurgia y estoy en Tenerife.
Sólo es para saber si está bien, ya que me parece un poco extraño que las retenciones sean las mismas que si cobro el 100% de mi sueldo. Además ¿me pueden descontar la parte proporcional de las pagas extras prorrateadas? ¿El resto del salario no me lo paga la seguridad social?
Otra cosa, he echado un vistazo al convenio y pone que las vacaciones son de 30 días respetando los descansos semanales. Nosotros nos solemos coger las vacaciones en periodos de 15 días y siempre nos cuentan los fines de semana y festivos como días de vacaciones; nunca podemos terminar las vacaciones un viernes, ya que según la empresa se cuenta desde el día que te coges hasta el día que te incorporas, aunque éste sea un lunes. Es decir, si me cojo vacaciones desde el 20 de abril hasta el 1 de mayo (festivo), me cuentan como si huera cogido 14 días porque me incorporaría a trabajar el lunes 4 ¿es esto correcto?