Sociedad limitada factura autónomo

Estoy trabajando en una sociedad limitada, y mi jefe va a trabajar para otra empresa y no sabemos que es mejor que le emitan las facturas a nombre de mi jefe como autónomo, lo que supondría poner en la factura el IRPF y el IVA e ingresarlo en la cuenta de mi jefe, o que nos hagan la factura a nombre de mi empresa y que se ponga nomina mi jefe ya que actualmente no tiene porque la empresa no tiene muchos ingresos.
Yo creo que es mejor que nos hagan la factura a nombre de la empresa porque así solo hay que hacer un modelo de IVA y algún mes no saldría el IVA a pagar porque se podría deducir de los gastos de la empresa y si se pone a nombre de mi jefe tendría que pagar el IVA siempre.

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La decisión de quien emite la factura (el autónomo o la empresa), depende fundamentalmente de donde se quiera tener el resultado. ¿El tema principal es que a partir de unos ingresos en torno a 120.000 - 150.000?, es preferible recoger los ingresos a través de la sociedad, ya que el tipo impositivo del impuesto de sociedades es inferior al tipo de IRPF.
No es estrictamente necesario que tu "jefe" esté en nómina. Puede presentar facturas a la sociedad por los trabajos realizados.
Al final pensé que nos hagan la factura a nombre de mi empresa para evitarnos problemas y tener que hacer dos modelos de iva distintos.
Pero una cosa, si mi jefe quiere recibir ingresos de la empresa ¿Haría falta hacerse nomina o se podría hacer con una factura que el nos emita con su iva e irpf correspondientes?
Ya que como quizás no le paguemos todos los meses a mi jefe, o recibiría cada mes más ingresos o menos ingresos en función de como tenga la empresa ingresos ese mes, si se puede hacer la factura yo creo que seria mejor opción.
Muchas gracias.
Tu jefe puede presentar facturas a la sociedad como autónomo. El importe de esas facturas no podrá ser superior al que luego facture la sociedad. (Hay que dejar algo de beneficio en la sociedad)

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