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Pablo me temo que entemas de java me pillas muy verde :) ... Mis conocimientos de linux en general son a nivel usuario. Siento no poder serte de ayuda :(

El concepto por el que Redhat cobra no es el que tu mencionas. Cobra por el proceso de empaquetación del software y por el mantenimiento (resolver dudas, problemas, etc). Pero no por el software.

Echale un vistazo al VNC, lo tienes para ambas plataformas. Aquí te explica lo que es. http://es.wikipedia.org/wiki/VNC

Puedes usar NFS perfectamente para ello. Te dejo un enlace con información de la wikipedia para que veas lo que es y algunas páginas de referencias. http://es.wikipedia.org/wiki/NFS