Reemplazar cadena dentro de archivos de texto

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¿Cómo termino mi sistema de respaldo?

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Tengo un codigo que requiero seleccionar y cortar/añadir caracteres, muestro como empieza y como debe finalizar: Asi es el original SND,00, 8/30/2016,14:26:29, SND, 00, 8/30/2016,14:26:31,S 004801 0001002323989 EM05100ABAUNZA-GUZMAN, OSCA0...
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