Contrato de formación en Alternancia

Hemos dado de alta a una trabajadora en modalidad de contrato en alternancia. Está bonificado, esas bonificaciones de SS, tutorización, ¿etc ya se aplican en la nómina y deben aparecer en ella? ¿O simplemente la SS cuando te pasa el recibo te lo descuenta directamente de las cotizaciones sociales? Lo digo porque mi gestor me ha mandado la primera nómina de la trabajadora con ese tipo de contrato y en ella no veo deducción alguna.