¿La pastilla anticonceptiva usándola de una forma responsable es eficaz (protege de embarazo)?

Pasa lo siguiente, Mi novia ha estado tomando anticonceptivo, bien bien, dos meses, esto porque su ginecóloga se las recetó por problemas de quiste ovárico, le dieron una explicación intensiva sobre los beneficios de esta, para su pequeño problema hormonal y la ventaja de no quedar embarazada siempre y cuando se sea responsable! El punto es que el primer mes y parte del segundo tuvo malestares en su vientre, (dolor) aunque se moderó su sangrado, solo que mi duda radica en que si, estas pastillas protegen contra embarazo aún y tendiendo síntomas que te hacen que la pastilla no te esta haciendo efecto, no se si me explique, pero bueno nosotros llevamos un buen control de la toma, pero solo es ese el echo de que como posiblemente no sea esa la pastilla adecuada para ella, pues también nos estemos arriesgando a un embarazo no deseado