¿Me pueden bajar el sueldo?

Tengo un cambio de centro de trabajo por el cual acordamos una cantidad superior, al subir esa cantidad superior he de subir el grupo de cotización con lo cual también mi retención pasa del 2% al 9,75%.

Esto supone un incremento de gasto a mi pagador que no esperaba, con lo cual me va a aplicar una deducción de salario para el evitar más gastos. La cuantía ampliada es por desplazamiento casi 200Km de mi residencia a mi puesto de trabajo.

¿Es posible optar a bajar la base y aplicar una subida por kilómetro de hasta 0,19€? Ya que este está exento de IRPF. El desplazamiento es en vehículo particular.