Desde la sección Ejemplos de mi sitio podrás descargar 3 libros para tomar los códigos según sea tu caso, ya que en la consulta no das ningún tipo de detalles (*). Seguramente el primer modelo cumplirá con tu necesidad.
(*) ¿Se trata de hojas o libros diferentes?, ¿Si es otro libro saber si ya está abierto o hay que buscarlo y abrirlo? ¿Si hay más de una hoja cuál se debe tomar?. Cuáles son las columnas a comparar. Y de cuál de las hojas eliminar.
Comparar 2 tablas. Eliminar de una los registros que se encuentran en la otra.
Comparar 2 tablas. Eliminar los registros que se duplican.
Comparar 2 tablas. Colorear o formatear los registros que se encuentran en las 2 tablas.
Una vez armada tu macro, si necesitas algún ajuste deja una nueva consulta con el código desarrollado y con mucho gusto lo ajustaremos.