¿Puede el medico cambiar el tipo de baja laboral? Cuando ha pasado más de un mes.

Después de tener un accidente en el trabajo acudo al medico y me comunican que necesito un papel de la empresa para poder cursar la baja por accidente laboral, llamo a la empresa y me lo niegan se cursa como enfermedad común. En la mutua me dicen que si cambio la baja de accidente laboral a accidente no laboral podría cobrar la baja. Se lo comento al medico que no pone inconveniente, pero me dice que el sistema no le permite realizar ese cambio, ¿esto es así?