¿Por qué aparece el flujo marrón luego de la menstruación?

Disculpe tengo una duda hace más o menos 2 semanas y media tuve relaciones con mi novia la cual no me Protegí pero termine fuera, pero para seguridad se tomo una pastilla del día después. ¿Ella era con un ciclo normal le bajaba cada 28 pero al tomarse la pastilla del día después de le adelanto una semana pero le bajo completo y normal como todos los meses pero hace tres días atrás me bajo un flujo marrón me podrían ayudar a saber porque es la razón del flujo marrón?