Gastritis crónica duodenitis y atrofia leve

Hace 3 meses se me hinchaba el estomago de vez en cuando por la noche y hace un mes empezó a ser todos los días decidí ir donde un gaatroenterologo me hizo una endoscopia y resulto que tengo gastritis crónica duodenitis y una atrofia leve me recetó pantoprazol y una medicina natural llamada estodol pero desde que tomo la medicina me duele el estomago y pasa hinchado casi todo el día. Me cuido en las comidas pero aun así me siento peor que antes cuando no estaba con medicina. ¿Es normal o debo dejar de tomar la medicina? ¿Y a se refiere esa atrofia?.