En qué me perjudica que mi empresa cotice por mí menos horas de las que realmente trabajo?

Trabajo en una aseguradora y pese a que llevo años trabajando aquí, hace poco me he dado cuenta que mi contrato de horas anuales no se corresponde con las horas reales que hago. Me salen más de 100 horas anuales, en qué me perjudica en temas de jubilación/prestaciones??.

También querría saber si dentro de las horas anuales de contrato, van incluido el periodo de vacaciones. Si hay que contabilizarlos dentro del contrato laboral.