Duda con provera y flujo marrón

Ok tuve relaciones con mi pareja varias veces con protección de principio a fin y eyaculación fuera con condón además. Yo siempre he sido irregular pero ya han pasado dos meses. Fuimos al ginecólogo y descarto embarazo mediante un ecograma. Me dijo de todas formas que si habíamos tenido relacio recientemente a lo mejor el embarazo no era visible pero nosotros tenemos más de un mes yy medio sin tener relaciones debid a mi retraso entonces descartamos la idea de embarazo. Ella me diagnostico con algo de la ovulación, no ovulo no menstruo y me mando a hacer exámenes hormonales muchísimos. Me mando a tomar provera por 10 días y si no bajaba ir de nuevo allá. Pero este es mi segundia día con provera y tengo manchado marrón. ¿Qué sera?