Tengo una cláusula adicional que no se como puede influir en mi baja laboral

Después de 7 años trabajando para la misma empresa (un colegio religioso concertado), este año al empezar el curso, les dije que estaba embarazada de tres meses. Cuando me dieron a firmar el contrato (unos días después de darles la noticia y tras mucho insistir) me añadieron una cláusula que versa sí:

"En el caso de que el volumen de trabajo de la empresa de lugar a que haya realización de actividades complementarias por parte del trabajador/a recogidas en el concepto salarial de dedicación (extraescolares, vigilancias), estas quedarán suspendidas de salario y realización en el caso que el trabajador/a se encuentre en situación de baja por IT o cualquier otro tipo de baja que le impida acudir a su puesto de trabajo y realizar sus funciones con normalidad. El trabajador percibirá su retribución total anual con un salario prorrateado desde la fecha de inicio del contrato hasta la fecha de fin sin lugar a finiquito por pagas extras a su finalización ni pagas extras durante el transcurso del contrato"

Sin más remedio y desde mi ignorancia la firmé, pero ahora tengo algunas dudas:

- En mi nómina aparecen tres conceptos: salario, dedicación y vigilancias. Estoy casi de 7 meses de embarazo y no me encuentro bien, quiero solicitar la baja (mi médico me ha hecho un informe conforme me recomienda la baja laboral). En el caso de coger la baja y según la cláusula ¿cobraría en base al concepto salario (sin los conceptos dedicación y vigilancias) o igualmente cobraría en base a las contingencias comunes?

- Tengo entendido que la empresa solo paga el 60% del día 4 al día 15 de la baja (los 3 primeros días el trabajador no percibe nada) y del 15 hasta el 20 o 21 la seguridad social, después se cobra un 75%. Mi duda es ¿se me aplicaría esa cláusula siempre o sólo los días que me ha de pagar la empresa?

- Ante una cláusula de ese tipo que va en contra de lo acordado según el convenio colectivo ¿qué prevalece la cláusula o el convenio?

- Además, después de 7 años trabajando con ellos, me han puesto un periodo de prueba de 4 meses y me temo que pudieran echarme por protestar e ir con el sindicato, en ese caso ¿tendría algo que hacer? ¿Es probable que me echen alegando que no he pasado el periodo de prueba?

- Según la cláusula ¿tampoco cobraré pagas extra?