¿Tendré problemas al salir del espacio schengen si he estado + de 90 días? ¿Cómo justificarlo?

Y gracias de antemano por dejarme este espacio para formularos estas preguntas acerca mis problemas.

Mi chica es de nacionalidad filipina y este año finalmente ha obtenido un visado como turista en espacio schengen con multientradas de tipo C de libre circulación de 90 días con un año de validez.

Ella entro desde Niçe (France-Espacio Schengen) con sello a fecha de 10 Junio 2017 (este es el único sello/estampe que tiene en su pasaporte).

A fecha de hoy nos encontramos en España con los 90 días de visado ya consumidos y con la decisión de alargar 2 semanas porqué mañana sabremos el sexo de el bebé que estamos esperando y en pocos días obtendremos los resultados del segundo trimestre del seguimiento de este.

Ahora tenemos la intención de volar de vuelta a Filipinas, que es dónde planeamos estar durante un tiempo.

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? ¿Qué problemas puede tener ella al salir del país con una estancia más larga de la que nos permitía el visado?

Nos han comentado que necesitamos un sello de entrada en España y no lo tenemos.? ¿Puede esto afectar más a la situación? ¿Qué puede comportar no tener este sello?