Fin de contrato con conflicto estando de IT ¿La empresa puede hacer que no me pague la Mutua?

La semana pasada cogí la baja por IT por molestias durante el embarazo, cuando se lo dije a mi jefa, quien no sabía que estaba embarazada se enfadó muchísimo. Inventaron un motivo y al cabo de 4 días me finalizaron el contrato. Ayer firme el finiquito, no conforme, y ahora me encuentro gestionando la IT por su Mutua Fremap ya que es quien les lleva las contingencias comunes. Durante la firma del finiquito tuve una discusión con mi jefa. Quisiera saber si la mala relación con ella puede influenciar de algún modo para que la Mutua acabe no pagándome o si es independiente.