Retraso menstrual de 2 meses junto con cólicos?

Mi problema es que llevo 2 meses de retraso, el 8 de julio serían 3. Tengo cólicos leves que a veces son algo intensos, como si me clavaran agujas.

Dentro de los 3 meses, hubo sangrado leve por lo menos dos veces. No tengo más síntomas que esos.

Tuve relaciones sexuales pero siempre con protección (condón) y aparte que nunca terminaba dentro de mí. Tengo 16 años y tengo entendido que a esta edad hay muchas irregularidades en la menstruación, pero me preocupa porque hace poco a mi hermana le encontraron quistes ováricos. ¿Qué podría ser la causa del retraso y cuál sería una posible solución?