¿Qué consecuencias puede tener una baja laboral?

Un trabajador con contrato indefinido toma la baja por deterioro paulatino de unos ligamentos de un brazo. Después de varios meses de baja y sin que el descanso y la recuperación hayan mejorado su estado se pregunta sobre su futuro laboral: ¿Puede seguir con la baja y por cuánto tiempo sin que peligre su empleo? ¿Debería pedir el alta durante unos dias para no tener problemas de despido aunque no se encuentre bien físicamente? ¿Existen otras alternativas?. Hasta ahora la mutua laboral es la que le llevaba el tema pero ¿sería conveniente ponerse en manos de la seguridad social, ya que la mutua puede tener intereses asociados a la empresa?.