Los incentivos e IRPF durante la baja

Soy higienista dental en Madrid. Me operé de apendicitis el día 11 de enero, hospitalización hasta el día 14. Estaré de baja hasta el 27, el 30 me incorporaría. Mi convenio contempla que me pertenece el 100% por ingreso u hospitalización, y tuve ambas, pero yo en nómina tengo un plus, gratificación extra, ¿eso tengo derecho a cobrarlo? Y en ese periodo de baja me descuentan IRPF, ¿y S.S? ¿Es decir, cobro más?